企业自主向主管税务机关申报加计扣除，根据国税发〔2008〕116号文规定，企业在申报时应报送以下材料：

（1）自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算。

（2）自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单。 

（3）自主、委托、合作研究开发项目当年研究开发费用发生情况归集表。

（4）企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件。

（5）委托、合作研究开发项目的合同或协议。

（6）研究开发项目的效用情况说明、研究成果报告等资料。根据财税〔2013〕13号文的规定，对注册在中关村、张江、东湖三个国家自主创新示范区和合芜蚌自主创新综合试验区并经省级高新技术企业认定管理机构认定的高新技术企业申请加计扣除时，除报送上述资料外，还应报送《企业年度研究开发费用汇总表》，主管税务机关要求提供科技部门鉴定意见的，应提供省级科技部门出具的《企业研究开发项目鉴定意见书》。