不能。由政府部门拨付的研发费用,企业在收到时列入专项应付款,在发生研发支出时直接从该专项应付款中列支。可加计扣除的研发费用减去政府部门拨付的研发经费的余额,就是加计扣除基数。因此,政府部门拨付的研发经费不得加计扣除。